连续发酵是当微生物培养到对数生长期时，一方面以一定速度连续不断地向发酵罐中流加新鲜液体培养基，另一方面又以同样的速度连续不断地将发酵液排出。连续发酵不仅减少了生物反应器清洗、灭菌的时间，还因罐内细胞浓度、pH值、营养成分的浓度、溶解氧等都保持一定，发酵罐中的微生物生长和代谢活动始终保持旺盛状态，这大大提高了微生物发酵效率和设备利用率。

但连续发酵的实际运行时间通常较长，选择设备时应特别注意设备的密封性能，及通入气液的无菌度。并且，长时间发酵会增加菌种变异的风险，导致纯种发酵难以长期进行。其次，由于发酵液体的连续性，发酵产物无法整齐地分成不同批次进行追溯。

补料分批发酵是一种介于分批发酵和连续发酵之间的发酵方式，是指在发酵过程中，间歇或连续地补加新鲜培养基，使发酵系统维持低基质浓度。补料分批发酵只向发酵罐中缓慢补加物料，不会连续向外放出发酵液，这既满足了微生物生长和产物持续合成的需要，又可以解除底物抑制，提高目的产物的转化率。尤其在产物合成阶段，营养物质的浓度需控制在一定范围内，以利于产物的合成。若营养物质过多，则促进菌体生长，抑制产物合成；若营养物质过少，则菌体易衰老，产物合成能力衰退，不利于生产。

此外，当代谢产物生成率或细胞生长速率明显受到某种底物组分浓度影响时，采用补料分批发酵方式比分批发酵有利，比如以下情况：（1）高密度培养系统；（2）存在Crabtree效应的系统；（3）受分解代谢物阻遏抑制作用的系统；（4）利用营养突变体的系统。