Contamination bactérienne：par exemple, Escherichia coli, Salmonella, Listeria, qui peuvent provoquer la putréfaction des aliments et des infections pathogènes.
Contamination fongique：par exemple, Aspergillus flavus, Rhizopus, Mucor, qui peuvent entraîner la décomposition des aliments et la production de toxines.
Contamination par levures：par exemple, Saccharomyces cerevisiae, Pichia pastoris, qui peuvent induire la fermentation et la dégradation des aliments.
Contamination virale：par exemple, virus de l'hépatite A, rotavirus, qui peuvent provoquer des maladies transmises par les aliments.
Contamination parasitaire：par exemple, trématodes, ténia, qui peuvent entraîner des infections parasitaires alimentaires.
Ces contaminations microbiennes peuvent avoir des impacts graves sur la qualité et la sécurité des aliments. Ainsi, le contrôle et le test microbiologiques des produits alimentaires sont essentiels pour garantir leur sécurité et qualité.
Production de toxines：Certains microbes produisent des toxines (comme des toxines bactériennes ou des mycotoxines) lors de leur croissance, qui peuvent présenter des risques graves pour la santé humaine, tels que l'initiation du cancer ou la perturbation du système immunitaire.
Consommation de nutriments：Les microbes consomment des quantités importantes de nutriments (protéines, glucides, lipides), ce qui affecte la valeur nutritive et la qualité du produit fermenté.
Émission d'odeurs fœtides：Certains microbes libèrent des composés comme l'ammoniac ou des sulfures, altérant le goût et la qualité du produit.
Baisse de l'efficacité de production：La contamination peut entraîner des anomalies de fermentation (stagnation, dégradation du produit), réduisant l'efficacité et augmentant les coûts de production.
La fermentation industrielle à grande échelle, en tant que processus complexe et précis, repose sur le contrôle rigoureux de multiples paramètres clés pour assurer la stabilité de la qualité et du rendement. En régulant scientifiquement les facteurs susceptibles de provoquer des dangers, on crée un environnement optimal pour la croissance et le métabolisme microbien, évite efficacement les risques de contamination, et réalise une amélioration double de l'efficacité productive et de la qualité du produit.