L'amidon de maïs, en tant que polysaccharide, est principalement composé de deux parties : l'amylose et l'amylopectine.

L'amylose représente généralement 20 à 30 % de l'amidon de maïs. C'est une molécule à longue chaîne composée d'unités de glucose liées linéairement par des liaisons glycosidiques α-1,4, avec un degré de polymérisation (DP) généralement compris entre 2000 et 6000. Cette structure linéaire relativement régulière confère à l'amylose une certaine extensibilité en solution et de faibles forces intermoléculaires. Après chauffage et gélatinisation, les molécules d'amylose passent d'un état cristallin ordonné à un état dispersé désordonné. De plus, lors du refroidissement, les molécules d'amylose sont sujettes à la ré-agrégation et au vieillissement, ce qui affecte les propriétés de transformation ultérieures de l'amidon.

L'amylopectine constitue une part importante de l'amidon de maïs, environ 70 à 80 %. C'est une macromolécule très ramifiée, dont la chaîne principale est composée d'unités de glucose liées par des liaisons glycosidiques α-1,4. À intervalles réguliers (environ tous les 20 à 30 unités de glucose), une liaison glycosidique α-1,6 se lie à une ramification de la chaîne principale, ce qui confère à l'amylopectine un degré de polymérisation (DP) de 300 000 à 3 000 000. Cette structure très ramifiée confère à l'amylopectine une conformation spatiale complexe, les molécules s'entremêlant pour former un réseau relativement dense, ce qui confère aux pâtes d'amidon une viscosité et une stabilité élevées. La structure ramifiée de l'amylopectine entrave l'arrangement compact des molécules, rendant sa cristallisation difficile ; par conséquent, l'amylopectine présente une tendance à la rétrogradation relativement faible.

Le rapport et les différences structurales entre l'amylose et l'amylopectine ont un impact crucial sur l'hydrolyse de l'amidon de maïs. De par sa structure linéaire, l'amylose est plus facilement hydrolysée par étapes à partir des extrémités de la chaîne par les enzymes hydrolytiques, ce qui permet une hydrolyse relativement régulière. L'amylopectine, avec ses nombreuses ramifications et sa structure spatiale complexe, nécessite l'action synergique de plusieurs enzymes hydrolytiques pour une hydrolyse complète. L'α-amylase peut agir de manière aléatoire sur les liaisons glycosidiques α-1,4 des molécules d'amidon, les dégradant rapidement en fragments de dextrine plus petits, mais son action sur les liaisons glycosidiques α-1,6 est limitée. Les enzymes saccharifiantes, quant à elles, peuvent agir non seulement sur les liaisons glycosidiques α-1,4, mais aussi, plus lentement, sur les liaisons glycosidiques α-1,6, hydrolysant davantage la dextrine en glucose. Par conséquent, lors de l'hydrolyse de l'amidon de maïs pour la préparation de glucose, il est nécessaire de combiner rationnellement les préparations enzymatiques et de contrôler les conditions de réaction afin d'obtenir une hydrolyse efficace des amidons présentant des structures différentes.

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